白塞氏病的主要病因病机是温热毒邪蕴滞，而温热的形成有内因和外因两个方面，外因是感受湿热毒邪，内因主要是脏腑功能失调，温热毒邪蕴于肝脾肾循环上攻于口、眼下注于外阴，引发本病。
感受湿热毒邪火热并或瘀毒未进与湿灼相合或久居潮湿之地，湿毒侵犯肌肤蕴久化热，毒热内蕴，结于脏腑湿热毒邪循经上攻于口、眼、下注于外阴，损伤局部皮肤粘膜发为溃疡，若湿热困脾失健运，则见腹胀、纳差或胃肠道溃疡，湿热伤及血脉则肢体皮肤出现红色结节，压痛明显，湿热流于关节则见膝、踝、腕、关节肿痛。
因情绪波动忧、思、郁、怒致肝气郁结、气瘀化火或过时肥甘厚味，酿成脾胃湿热，湿热影响心脾肝肾，而心气攻于舌，脾气攻于口，心脾湿热，循进上与口舌，则口舌生疮，肝脉赤目循绕阴气，肾开窍于二阴，肝肾湿热上熏形成眼疾，下注二阴之外阴部溃疡。
西医认为与以下几种因素有关。
1、感染：有报道说，白塞氏病与急、慢性病毒感染、细菌感染如链球菌、结核杆菌感染，引起的自体免疫异常有关。比如：据国内有关报道，本病患者中，有三分之一过去患过结核病或者正在患结核病，部分病人经过治疗结核后，不仅结核治愈，而且白塞病症状也有好转。也有人发现单纯疱疹病毒和溶血链球菌与白塞氏病有关。说明细菌病毒感染与本病有关。
2、遗传因素：本病有地区性发病倾向，如多见于地中海沿岸国家。对表明人类遗传特征的物质HLA的研究发现，白塞病患者中HLA-B5阳性检出率可达60%以上，HLA-B51的阳性检出率也很高。因此，有人提出，这两种HLA类型所代表的遗传特征可能是部分白塞病发病的内因或内环境。因为并非所有白塞病患者均有HLA-B5或HLA-B51阳性，Behcet可能与常染色体隐性遗传有关。
3、微量元素：患者病变组织多种微量元素含量增高，如有机氯、有机磷和铜离子。也有人发现某些微量元素锌、硒缺乏，可能与白塞氏病有关。
4、免疫异常：患者血清中存在抗口腔粘膜抗体、抗动脉壁抗体等自身抗体，血清中免疫复合物阳性率达60%，并与病情活动有关，患者免疫球蛋白增高，淋巴细胞比例失调，血管周围、脑脊液、血管壁等病损处可见到淋巴细胞、免疫球蛋白、补体等与免疫反应有关的物质，说明本病与免疫失调有密切关系。
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