大蒜对于一些致病菌引起的轻微腹泻，有一定治疗作用，而对于急性的、严重的腹泻及非细菌性腹泻，光靠吃蒜来治疗不但无济于事，反而会使病情加重。因为腹泻一般是因受凉或进食不洁食物，导致肠道局部组织炎症水肿，大量体液进入肠腔，使其处于“过饱和”状态引起的，如此时进食大蒜等辛辣食品，则可能加重对肠壁的刺激，促使肠壁血管进一步充血水肿，从而加重腹泻。吃大蒜防腹泻，应该在没病之时服用，方可显其功效。
基于大蒜的诸多功效，每天吃一瓣生蒜是比较合适的，多吃并无益处，因为肠道内有许多正常菌群，彼此互相平衡、制约，大蒜强大的杀菌作用，会使平衡受到破坏，导致菌群失调。
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