打喷嚏时，我们的面部肌肉要收缩，这就不可避免地要发生条件反射，从而导致我们闭上眼睛。
肌体要从鼻子里将异物驱逐出去所需要的压力是很大的，这种压力可以使喷出的气流达到约为150公里/小时的速度。闭眼睛是我们的身体为了保护眼睛而采取的本能反应，如果睁着眼打喷嚏，喷嚏的压力就有可能严重伤害泪腺导管甚至使视神经受到创伤。
一方面，打喷嚏时要用很大的力量逐出气体，肺内、口腔内、鼻腔内都有很大的压力，不单膈肌和肋间肌等呼吸肌要突然剧烈收缩，颈部、面部、额部的肌肉都要紧张，这时支配闭眼的眼轮匝肌也会收缩，因为它与面部肌肉同受面神经支配，于是就会不由自主地闭上眼睛。
另一方面，打喷嚏时神经系统要高度集中精力，才能完成打喷嚏的一系列反射，闭上眼睛，可减少外界的干扰，有时想要打喷嚏，正巧有人和你说话或拍你一下，很可能喷嚏就打不出来了。
科学的解释是:
眼皮的睁开与闭合主要由环状的眼轮匝肌和扇状分布的提上睑肌完成。需要闭眼时，大脑发出指令，经过神经传导控制眼轮匝肌收缩，眼皮就闭合起来；反之大脑支配提上睑肌收缩，眼轮匝肌松弛，眼皮就睁开了。 打喷嚏时要用很大的力量排出气体，肺内、口腔内、鼻腔内都有很大的压力，这种压力可以使喷出气流达到160公里小时的速度，能喷到3、4米以外！如果睁着眼睛打喷嚏，喷嚏的压力就有可能严重伤害泪腺导管，甚至使视神经受到创伤。
所以，为了保护脆弱的眼睛，在长期进化过程中，我们的大脑就形成了这种本能反应。