近来食品安全问题屡屡在媒体上报道，疯牛病曾使欧洲、乃至整个世界胆战心惊，英国为此付出了惨重的代价；在食品相对充裕的今天，人们对食品短缺的恐慌已经在很大程度上被食品安全的担忧所取代。
100年来传统的育种技术为人类提供了许多高产优质的粮食、水果和肉、禽，蛋和奶，但它们没有在亲缘关系很远的物种间进行过基因交换，更没有在植物和动物，或高等生物和微生物之间进行过杂交。基因工程则是突破天然种间屏障进行的杂交, 使人类的基因可能插入细菌中，牛的基因可能进人土豆或西红柿中。基因工程食品的出现无疑是人类征服自然的伟大成就。但是正如一位伟人曾指出的那样，人类征服自然的每项成就那时能受到自然界的报复。
这些非天然的食品是否会给人类带来危害呢？尽管将转基因技术应用在食品的生产或制造有诸多好处，但在评估食品的安全性时,仍必须分析由基因改造所产生之预期及非预期效果。由于转基因食品不同于相同生物来源之传统食品，遗传性状的改变，将可能影响细胞内之蛋白质组成，进而造成成份浓度变化或新的代谢物生成，其结果可能导致有毒物质产生或引起人的过敏症状，甚至有人怀疑基因会在人体内发生转移，造成难以想你的后果。
转基因食品潜在危害包括：食物内所产生的新毒素和过敏原; 不自然食物所引起其它损害健康的影响; 应用在农作物上的化学药品增加水和食物的污染; 抗除草剂的杂草会产生; 疾病的散播跨越物种障碍; 农作物的生物多样化的损失; 生态平衡的干扰。
例如，已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应；用基因工程细菌生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长激素。一著名的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗抗生素的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不完美会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物,它们将永远无法被收回或控制, 后果是目前无法估计的。
有人认为基因工程带来的危险比迄今采用的技术都要大。因为许多损伤作用是不可逆的，我们必须防患于未然。诸如此类的安全性问题，已引起欧美等生物科技先进国家的重视，并针对这类产品之安全性及生物技术对环境的影响评估立法规范。